Đức Giáo hoàng Stêphanô IX sinh tại Lorraine, nước Pháp, tên thật là Frêđêric, là con trai của Quận công miền Lotthringie là Gothlon I. Anh của ngài cũng là Quận công miền Toscana tên là Gôđêfroi II le Barbu. Trước khi làm Giáo hoàng, ngài là đan sĩ dòng thánh Bênêđictô và là cựu Viện Phụ của Đan viện Mont-Cassinô. Ngài được chọn làm Giáo hoàng ngày 3-8-1057. Xung quanh ngài có những cố vấn uyên bác và nổi tiếng để giúp đỡ ngài trong việc điều hành Giáo hội cũng như trong những vấn đề chính trị. Ngài tiếp tục chương trình luân lý hóa của đức Victor II bằng cách cấm các giáo sĩ lập gia đình và cấm hôn nhân cùng huyết thống. Ngài đã phái Hồng Y Hildebrand đến nước Đức để thuyết phục vua Henri IV ngừng việc bán thánh, phong chức bừa bãi và gia tăng thuế má trên tài sản của các giáo sĩ. Ngài bị chống đối nhiều từ phía hàng giáo sĩ đang sống bê tha, cũng như từ phía vua Henri IV. Những khó khăn lớn lao và chống đối phũ phàng đã làm cho ngài mệt mỏi, thất vọng đến độ phải rời Rôma đến trú ngụ trong Đan viện Mont-Cassinô suốt hai tháng. Sau đó ngài trở về Rôma rồi đi Flôrencia gặp người em là Godefroi để tìm giải pháp đánh đuổi quân Normands. Ở đó, ngài bị sốt rét rừng nặng và qua đời. Cha Hugues, thuộc tu viện Cluny đến chăm sóc ngài. Trước khi qua đời, ngài yêu cầu cha Hugues và tất cả các Hồng Y có mặt phải thề là không được bầu Giáo hoàng trước khi đức Hồng y Hildebrand từ Đức trở về lại Rôma. Ngài qua đời ngày 29-3-1058 và được an táng trong thánh đường Florence. Tuy nhiên, ước mong của ngài đã không được người ta thực hiện: các gia đình quý phải ở Rôma đã bầu Gioan Minciô (Joan Mincius), bá tước vùng Tusculum lên ngôi Giáo hoàng ngày 5-4-1058, lấy tước hiệu là Bênêđictô X. Nhưng Bênêđictô X không được thừa nhận, bị coi là nguy Giáo hoàng  và bị loại trừ ngày 24-1-1059.