Đức Agathô sinh tại Palermô, Silicia trước khi đến Rôma, nhưng một số người khác cho rằng ngài sinh tại Reggiô Calabria. Ngài nổi tiếng là một người có những phép mầu trị bệnh và được bầu làm Giáo hoàng ngày 27-6-678.

Đáp ứng gợi ý của hoàng đế Constantin về việc tổ chức hội nghị thần học, ngài phái đến Constantinôpôli một đoàn đại biểu cầm theo “bản tuyên tín” mà hoàng đế trình cho một Công đồng này gồm 170 Giám mục. Công đồng do hoàng đế chủ trì đã lên án Lạc thuyết Nhất ý và Lạc thuyết Nhất năng và lần lượt tái khẳng định học thuyết hai bản tính: Chúa Giêsu có hai bản tính, hai ý chí, nghĩa là ngài vừa là Thiên Chúa vừa là người thật. Công đồng này mang tên là Công đồng Trulle. Trulle hay Trullus là tên của căn phòng nóc tròn (Coupole), nơi họp Công đồng. Ngài đã làm cho Tổng Giám mục ở Ravenna thừa nhận thẩm quyền của Tòa Thánh và gia tăng ảnh hưởng của Rôma trên các giáo sĩ Tây Phương, đồng thời đã điều đình để được miễn các thứ thuế trước kia hoàng đế Justinianô áp đặt cho Giáo hội phải trả để được chuẩn y sau mỗi lần bầu cử Giáo hoàng. Ngài cũng đã gởi đến nước Anh nhiều giáo sư nổi tiếng để dạy thánh nhạc Grégorien cho các giáo sĩ. Đức thánh Giáo hoàng Agathô qua đời ngày 10-1-681, hưởng thọ 107 tuổi.