Đức Giáo hoàng Gioan VI sinh ra tại Êphêsô, được bầu chọn làm Giáo hoàng ngày 30-10-701. Trong giáo triều của mình, ngài đã phải chiến đấu mạnh mẽ chống lại hoàng đế của đế quốc Rôma – Orient, vì ông viện nhiều lý do để xen vào những vấn đề tôn giáo qua trung gian của vị giám quản thành Ravênna. Ngài ngày càng tỏ ra cương quyết, ngay cả trong dịp vị giám quản tới Rôma với những ý định thù nghịch.

Từ tình trạng này, sự sai lầm lịch sử của hoàng đế Justinianô trước đây đang được tái diễn trong âm mưu định bắt giam ngài. Vì thế, đã xảy ra một cuộc nổi dậy để bảo vệ ngài nên âm mưu của hoàng đế không thành công. Dân Ý càng ngày càng tỏ ra, không phải là thần dân của vị hoàng đế cai trị Orient, nhưng là thần dân của Đức Giáo hoàng. Dưới mắt họ, Giáo hoàng là người nắm giữ quyền hành chân chính.

Ngài qua đời ngày 11-1-705.